In der Sekundarstufe I bilden die Klassen 5 und 6 eine besondere pädagogische Einheit, die sog. Erprobungsstufe. Sie dient der Erprobung, Förderung und Beobachtung der Kinder. Innerhalb der Erprobungsstufe gehen die Schülerinnen und Schüler ohne Versetzung von der Klasse 5 in die Klasse 6 über. Am Ende der Klasse 6 entscheidet die Klassenkonferenz über die Versetzung in Klasse 7. Eine Nachprüfung Ende der Klasse 6 ist nicht möglich. Insgesamt beträgt die maximale Verweildauer in der Erprobungsstufe drei Jahre.
Neben den Kernstunden im Vormittagsbereich, an denen alle Kinder der Klassen 5 und 6 teilnehmen, stehen der Schule noch sog. Ergänzungsstunden zur Verfügung. Diese werden am Jan-Joest-Gymnasium genutzt zur Stärkung der Kompetenzen in den Fächern Deutsch, Englisch und Mathematik. Hier wählen die Eltern für ihr Kind Förderkurse in den o. g. Fächern an, um Schwächen direkt zu Beginn der Schulzeit an der weiterführenden Schule auszugleichen. Diese Stunden finden im Nachmittagsbereich in der 7. und 8. Schulstunde statt. Die Fachlehrkräfte beraten die Eltern bei der Anwahl der Kurse.