In der Mittelstufe wählen die Schülerinnen und Schüler ein Fach aus dem Differenzierungsbereich aus.  Das Jan-Joest-Gymnasium bietet folgende Fächer an: Wirtschaft, Mathematik/Informatik, Biologie/Chemie, Französisch, Literatur

In der Oberstufe findet eine Kooperation im Leistungskursbereich mit dem Gymnasium Aspel der Stadt Rees statt. Dadurch wird ein breit gefächertes Kombinationsangebot im Bereich der Leistungskurse möglich.

Außerdem werden auch im Grundkursbereich differenzierte Kurse angeboten, wie z.B. die Vertiefungskurse Mathematik und Englisch in der EF und die Projektkurse Kunst und Musik in der Q2.

Am Jan-Joest-Gymnasium werden vier verschiedene Fremdsprachen angeboten: Englisch, Latein, Französisch und Italienisch. Italienisch kann in der 10. Klasse (EF) als Arbeitsgemeinschaft ausgewählt werden.